哈利、罗恩和赫敏在魔法学院的第三堂课上，还是遇到了斯内普教授。斯内普教授对他们非常愤怒，并且给他们布置了一个几乎不可能完成的作业，要求他们在一周内制作出一种能够让人穿越时空的药水。哈利、罗恩和赫敏非常努力地学习和实验，但是他们总是失败。最后，他们不得不第三次求助于邓布利多教授。邓布利多教授给了他们一些提示，并且告诉他们，他们需要找到一种非常稀有的时间宝石，才能制作出穿越时空的药水。哈利、罗恩和赫敏开始了他们的冒险之旅，他们穿越了魔法时空隧道，遇到了各种各样的危险和挑战。最后，他们终于找到了那种稀有的时间宝石，并且成功地制作出了穿越时空的药水。
三人带着制作好的药水去找斯内普教授。斯内普满脸怀疑地接过药水，仔细检查后，眼里闪过一丝不易察觉的惊讶与赞许。但他仍冷哼一声说道：“勉强合格吧。”
然而，就在这时，药水突然泛起奇异的光芒并剧烈晃动起来。还没等众人反应过来，一道时空漩涡竟自行开启，强大的吸力将周围的东西纷纷卷入其中。哈利紧紧抓住罗恩和赫敏，可还是抵挡不住这股力量。西人一同被吸入了漩涡之中。
当他们再次清醒时，发现身处一片陌生的古代战场。西周都是穿着古老盔甲正在战斗的巫师们。原来这药水因为刚制成不够稳定，再加上时间宝石的魔力波动，触发了随机的时空穿梭。而此时，他们必须依靠智慧和魔法，在这个充满未知危险的古代环境下生存下来，并寻找方法重新回到自己的时代。哈利眼神坚定，握紧魔杖，罗恩和赫敏也振作起来，一场新的冒险即将展开。
哈利低声对罗恩和赫敏说：“我们先找个安全的地方躲起来，观察一下这里的局势。”于是，他们悄悄躲进了附近一个废弃的营帐。透过营帐的缝隙，他们看到战场上有一方使用着黑暗魔法，火焰中夹杂着恐怖的黑色气息。
赫敏小声道：“这种黑暗魔法我只在禁书区见过部分记载，要破解它得找到古魔法阵的力量源泉。”哈利沉思片刻后说：“也许我们可以跟着那些对抗黑暗魔法的巫师，看能不能找到线索。”
正当他们准备行动时，一群士兵发现了他们的营帐，朝这边走来。哈利举起魔杖，紧张地准备战斗。突然，为首的巫师喊出了哈利的名字：“伟大的波特家族后人，我们一首在等你们到来。”原来，这里的巫师通过古老预言知晓了他们的到来，并且知道只有他们能阻止黑暗魔法蔓延。哈利他们互相对视一眼，意识到这场冒险比想象中的更加复杂且意义非凡，随后便跟随着那群巫师走向未知的前方。
这群巫师带领哈利等人来到一座神秘的古堡。堡内西处刻满了奇怪的符文，散发着幽蓝的光。为首的巫师指着墙上一幅巨大的地图说：“这是黑暗魔法扩散的范围，源头就在那片禁忌森林深处。”
哈利他们决定立刻前往。进入森林后，周围弥漫着浓雾，阴森恐怖。突然，无数藤蔓向他们缠来，赫敏挥动魔杖念咒，却毫无作用。罗恩大喊：“这是被黑暗魔法侵蚀的植物！”哈利想起之前的经历，用时间宝石的魔力注入魔杖，射出一道金光，暂时击退了藤蔓。
继续深入，他们看到一个巨大的魔法阵在不断闪烁，阵中心有一颗黑色水晶球，散发着邪恶的气息。哈利明白这就是力量源泉。他走上前去，和罗恩、赫敏一起施展最强魔法。一时间，金、红、蓝三色光芒交织冲向黑球。经过一番苦战，黑球渐渐黯淡，黑暗魔法随之消散。天空恢复晴朗，周围景色也变回正常。一阵光芒闪现，时空通道再次打开，哈利他们顺利返回自己的时代，这次奇妙而惊险的冒险成为他们心中难忘的记忆。
回到学校后的哈利、罗恩和赫敏成了同学们眼中的英雄。然而，哈利总感觉事情并未真正结束。一天夜里，他独自来到密室，意外发现那本被伏地魔附身过的日记竟然又有了动静。翻开日记，里面浮现出模糊的影像，竟是当时黑暗魔法背后隐藏的幕后黑手的身影，他对着哈利露出诡异的笑，仿佛在说一切才刚刚开始。
哈利大惊失色，连忙去找罗恩和赫敏商量。赫敏推测可能是他们上次只是驱散了黑暗魔法的表象，根源还未彻底清除。于是，三人决定再次踏上征程。他们顺着之前留下的微弱魔法痕迹追寻，发现通往另一个神秘空间的入口。这个空间里到处漂浮着破碎的记忆碎片，每一块碎片都隐藏着关于黑暗魔法更深层次的秘密。他们小心翼翼地收集碎片拼凑，逐渐揭开一个涉及整个魔法界安危的惊天阴谋，而他们又一次站在了拯救魔法世界的前沿。
随着记忆碎片越来越多被拼凑完整，他们发现这个阴谋是要利用黑暗魔法腐蚀魔法世界各个角落的防护结界，一旦得逞，麻瓜世界将会涌入大量黑暗生物。
他们按照碎片指引前往一处古老遗迹寻找阻止阴谋的关键物品——光明圣杯。一路上陷阱重重，罗恩险些掉入深渊，好在哈利及时拉回他。到达遗迹核心处，只见圣杯被黑暗之力封印着。
三人合力施法破除封印，可触动了警报魔法，一群黑袍人出现。哈利认出其中一人是曾经的同学被黑暗势力控制了。激战中，赫敏想到用记忆碎片中的净化魔法，她集中精力施展，一道圣洁光芒笼罩全场。黑袍人身上的黑暗气息缓缓散去，他们恢复了意识。
最终哈利拿起光明圣杯，圣杯释放出强大的光明之力，沿着魔法世界的结界蔓延，修复加固了所有结界。危机解除后，三人回到学校，这次经历让他们更加成熟稳重，他们深知保护魔法世界的责任重大，时刻警惕着可能再次出现的黑暗威胁。
